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ANALYSIS FOR POTASSIUM TETRAIDO MERCURATE (II) [HDF]
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Formula : K2,HG1,I4
Solution chemistry: HG1,I4 -2 : HG1,I3 -1 : HGI2 -0
All distances below are to the element HG [ mercury ]
| PROTEIN: 1FC1 IMMUNOGLOBULIN FC (HUMAN)
|
Bound Ligands : NAG N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE: FUC FUCOSE: MAN ALPHA-D-MANNOSE: GAL D-GALACTOSE:
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.:
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : DEISENHOFER et.al. 1976a:1976b:
pH 6.5 Soak time = Hours Reference number = 220.00
Site 1: 248 LYS B NZ 5.83 ( 7.77) . . .
: 252 MET B SD 4.00 ( 6.85) . . .
: 428 MET B SD 3.04 ( 6.21) . . E
: 435 HIS B O 5.02 ( 7.01) . . .
: 436 TYR B OH 5.27 ( 5.62) . . E
: 252 MET A SD 4.27 ( 7.47) . . .
: 254 SER A OG 4.95 ( 6.57) . . .
: 255 ARG A NE 5.88 ( 8.22) . . .
Site 2: 252 MET B SD 3.11 ( 6.02) . . .
: 254 SER B OG 3.48 ( 5.69) . . .
: 255 ARG B NE 5.98 ( 7.40) . . .
: 252 MET A SD 3.89 ( 6.15) . . .
: 428 MET A SD 5.49 ( 7.98) . . E
: 436 TYR A CE2 5.05 ( 6.44) . . E
Site 3: 358 MET A SD 3.70 ( 5.68) . . .
: 414 LYS A NZ 5.36 ( 7.40) . . .
: 417 TRP A NE1 5.69 ( 7.90) . . .
: 418 GLN A OE1 1.95 ( 6.05) . . .
: 443 LEU A CD1 5.43 ( 8.33) . . E
Site 4: 252 MET B SD 4.99 ( 7.95) . . .
: 254 SER B OG 5.55 ( 7.98) . . .
: 248 LYS A CE 5.31 ( 6.54) . . .
: 251 LEU A O 4.81 ( 6.15) . . .
: 252 MET A SD 1.78 ( 3.73) . . .
: 253 ILE A N 5.41 ( 6.71) . . .
: 254 SER A OG 5.45 ( 6.58) . . .
: 255 ARG A NE 5.20 ( 7.54) . . .
: 428 MET A SD 5.23 ( 8.05) . . E
Site 5: 248 LYS B NZ 4.94 ( 7.44) . . .
: 252 MET B SD 1.82 ( 5.90) . . .
: 254 SER B OG 5.49 ( 7.33) . . .
: 255 ARG B NE 5.37 ( 8.01) . . .
: 428 MET B SD 4.90 ( 8.77) . . E
: 248 LYS A CE 5.71 ( 9.22) . . .
: 252 MET A SD 3.81 ( 7.32) . . .
Site 6: 251 LEU B O 5.57 ( 7.37) . . .
: 252 MET B SD 3.12 ( 4.25) . . .
: 253 ILE B CG1 5.71 ( 5.97) . . .
: 254 SER B OG 3.38 ( 5.45) . . .
: 255 ARG B CD 5.79 ( 7.42) . . .
: 428 MET B CE 5.78 ( 9.80) . . E
: 252 MET A SD 5.04 ( 6.45) . . .
: 254 SER A OG 5.37 ( 7.53) . . .
Site 7: 248 LYS B CE 5.46 ( 8.35) . . .
: 252 MET B SD 2.96 ( 6.20) . . .
: 428 MET B SD 4.77 ( 8.20) . . E
: 436 TYR B CE2 4.99 ( 7.37) . . E
: 252 MET A SD 2.93 ( 6.09) . . .
: 254 SER A OG 4.86 ( 6.62) . . .
: 255 ARG A NE 5.76 ( 8.27) . . .
Site 8: 254 SER B OG 5.24 ( 7.23) . . .
: 248 LYS A CE 5.93 ( 6.35) . . .
: 251 LEU A CD1 5.96 ( 5.68) . . .
: 252 MET A SD 4.85 ( 5.67) . . .
: 427 VAL A O 5.60 ( 7.19) . . E
: 428 MET A SD 3.10 ( 4.51) . . E
: 429 HIS A N 5.79 ( 7.06) . . E
: 434 ASN A O 5.34 ( 7.34) . . .
: 435 HIS A CG 5.98 ( 5.05) . . .
: 436 TYR A CE2 4.80 ( 4.48) . . E
Site 9: 252 MET B SD 4.50 ( 8.11) . . .
: 254 SER B OG 5.34 ( 7.30) . . .
: 248 LYS A NZ 5.14 ( 7.07) . . .
: 252 MET A SD 3.64 ( 6.54) . . .
: 428 MET A SD 3.32 ( 6.54) . . E
: 435 HIS A O 5.88 ( 7.75) . . .
: 436 TYR A CE2 4.08 ( 6.28) . . E
Site A: 248 LYS B NZ 4.71 ( 6.82) . . .
: 252 MET B SD 3.95 ( 6.98) . . .
: 380 GLU B OE1 5.93 ( 8.01) . . E
: 428 MET B SD 1.92 ( 5.65) . . E
: 435 HIS B O 5.21 ( 7.43) . . .
: 436 TYR B OH 5.58 ( 6.06) . . E
: 252 MET A SD 5.12 ( 8.66) . . .
Site B: 248 LYS B NZ 5.56 ( 8.74) . . .
: 252 MET B SD 3.31 ( 7.07) . . .
: 254 SER B OG 5.01 ( 6.74) . . .
: 255 ARG B NE 4.95 ( 7.53) . . .
: 248 LYS A NZ 5.56 ( 8.41) . . .
: 252 MET A SD 4.28 ( 7.49) . . .
: 428 MET A SD 4.54 ( 7.63) . . E
: 436 TYR A OH 5.38 ( 6.75) . . E
Site C: 358 MET A SD 3.29 ( 5.39) . . .
: 414 LYS A NZ 5.37 ( 7.51) . . .
: 417 TRP A NE1 5.67 ( 8.10) . . .
: 418 GLN A OE1 2.33 ( 6.40) . . .
: 443 LEU A CD1 5.53 ( 8.46) . . E
Site D: 252 MET B SD 5.39 ( 8.40) . . .
: 254 SER B OG 5.14 ( 7.47) . . .
: 248 LYS A CE 5.14 ( 6.20) . . .
: 251 LEU A O 4.62 ( 5.80) . . .
: 252 MET A SD 2.84 ( 4.39) . . .
: 428 MET A SD 3.98 ( 6.54) . . E
: 435 HIS A O 5.13 ( 6.60) . . .
: 436 TYR A CE2 5.76 ( 6.32) . . E
Site E: 248 LYS B NZ 5.54 ( 7.63) . . .
: 252 MET B SD 2.49 ( 5.95) . . .
: 255 ARG B CD 5.96 ( 9.05) . . .
: 428 MET B SD 4.13 ( 7.72) . . E
: 436 TYR B CE2 4.96 ( 7.32) . . E
: 252 MET A SD 3.51 ( 6.86) . . .
: 254 SER A OG 5.40 ( 7.22) . . .
Site F: 355 ARG B CA 5.95 ( 5.95) . . .
: 358 MET B SD 3.20 ( 4.67) . . .
: 414 LYS B NZ 5.51 ( 7.57) . . .
: 417 TRP B NE1 5.37 ( 8.52) . . .
: 418 GLN B OE1 4.04 ( 7.08) . . .
Site G: 252 MET B SD 2.97 ( 4.68) . . .
: 253 ILE B N 5.27 ( 6.26) . . .
: 254 SER B OG 2.99 ( 5.20) . . .
: 255 ARG B CD 5.52 ( 7.19) . . .
: 252 MET A SD 4.71 ( 6.31) . . .
: 254 SER A OG 5.86 ( 7.90) . . .
: 436 TYR A CD2 5.89 ( 7.35) . . E
Site H: 252 MET B SD 4.46 ( 7.06) . . .
: 254 SER B OG 5.97 ( 8.34) . . .
: 428 MET B CE 5.96 ( 9.45) . . E
: 436 TYR B CE2 5.53 ( 7.72) . . E
: 251 LEU A O 5.93 ( 7.48) . . .
: 252 MET A SD 2.30 ( 4.28) . . .
: 253 ILE A N 5.25 ( 6.27) . . .
: 254 SER A OG 3.80 ( 5.32) . . .
: 255 ARG A NE 5.26 ( 7.01) . . .
: 428 MET A CE 5.85 ( 9.96) . . E
| PROTEIN: 1GPD GLYCERALDEHYDE-3P-DEHYDROGENASE (LOBSTER)
|
Bound Ligands : NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE: SPS SUBSTRATE PHOSPHATE: IPS INORGANIC PHOSPHATE:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 69.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : BUEHNER et.al. 1974 :MORAS et.al. 1975 :
pH 6.2 Soak time = Hours Reference number = 124.01
Site 1: 148 SER R O 5.11 ( 7.41) . . H
: 149 CYS R O 3.32 ( 4.64) d s H
: 150 THR R O 4.87 ( 5.57) . . H
: 152 ASN R CG 5.58 ( 4.82) . . H
: 153 CYS R SG 4.71 ( 3.59) d . H
: 154 LEU R N 5.72 ( 7.19) . . H
: 289 SER R O 4.94 ( 5.94) . . .
: 290 SER R OG 5.57 ( 4.82) . . E
: 310 TRP R O 5.31 ( 7.05) . . E
: 311 TYR R CE1 5.27 ( 3.94) . . E
: 312 ASP R O 5.69 ( 6.18) . . E
: 313 ASN R N 5.59 ( 5.61) . s H
: 316 GLY R O 5.95 ( 5.61) . . H
: 317 TYR R CD1 5.98 ( 5.36) . s H
: 148 SER G O 5.38 ( 7.57) . . .
: 149 CYS G O 3.35 ( 4.56) d . .
: 150 THR G O 5.38 ( 5.79) . . .
: 152 ASN G CG 5.38 ( 5.46) . . .
: 153 CYS G SG 5.23 ( 4.38) d . .
: 289 SER G O 4.88 ( 5.93) . . .
: 290 SER G N 5.56 ( 5.52) . . .
: 310 TRP G O 4.65 ( 6.90) . . .
: 311 TYR G CE1 5.74 ( 4.14) . . .
: 312 ASP G OD1 5.34 ( 5.90) . . .
: 313 ASN G CG 5.94 ( 4.31) . . .
: 316 GLY G O 5.75 ( 5.25) . . .
: 317 TYR G CB 5.64 ( 5.44) . . .
Site 2: 148 SER G O 5.17 ( 7.28) . . .
: 149 CYS G O 3.06 ( 4.10) d . .
: 150 THR G O 5.29 ( 5.46) . . .
: 152 ASN G CG 5.68 ( 5.64) . . .
: 153 CYS G SG 5.41 ( 4.66) d . .
: 289 SER G O 5.37 ( 6.47) . . .
: 310 TRP G O 4.72 ( 6.97) . . .
: 311 TYR G OH 5.85 ( 4.10) . . .
: 312 ASP G OD1 5.43 ( 5.78) . . .
: 313 ASN G CG 5.44 ( 3.93) . . .
: 316 GLY G C 5.34 ( 5.41) . . .
: 317 TYR G CB 5.52 ( 5.48) . . .
: 148 SER R O 4.85 ( 7.08) . . .
: 149 CYS R O 2.95 ( 4.14) d . .
: 150 THR R O 4.71 ( 5.17) . . .
: 152 ASN R CG 5.75 ( 4.98) . . .
: 153 CYS R SG 4.80 ( 3.84) d . .
: 154 LEU R N 5.83 ( 7.29) . . .
: 289 SER R O 5.37 ( 6.45) . . .
: 290 SER R CB 5.31 ( 5.32) . . .
: 310 TRP R O 5.54 ( 7.14) . . .
: 311 TYR R CE1 4.75 ( 3.90) . . .
: 312 ASP R O 5.54 ( 6.03) . . .
: 313 ASN R N 5.26 ( 5.21) . . .
: 316 GLY R C 5.52 ( 5.72) . . .
: 317 TYR R CD1 5.94 ( 5.37) . . .
Site 3: 148 SER G O 4.96 ( 7.13) . . H
: 149 CYS G O 2.82 ( 4.06) d s H [Het: NADNC4 - CB 4.30]
: 150 THR G O 4.96 ( 5.25) . . H
: 152 ASN G CG 5.42 ( 5.29) . . H
: 153 CYS G SG 5.18 ( 4.31) d . H
: 289 SER G O 5.39 ( 6.47) . . .
: 290 SER G CA 5.89 ( 5.89) . . E
: 310 TRP G O 4.65 ( 6.94) . . E
: 311 TYR G OH 5.64 ( 4.25) . . E
: 312 ASP G OD1 5.75 ( 6.12) . . E
: 313 ASN G CG 5.74 ( 4.29) . s H [Het: NADNO7 - AD1 3.80]
: 316 GLY G C 5.56 ( 5.68) . . H
: 317 TYR G CB 5.68 ( 5.63) . s H [Het: NADNC5 - CB 4.30]
: 148 SER R O 4.71 ( 6.97) . . .
: 149 CYS R O 2.77 ( 4.18) d . .
: 150 THR R O 4.41 ( 5.01) . . .
: 151 THR R N 5.81 ( 6.33) . . .
: 152 ASN R CG 5.51 ( 4.64) . . .
: 153 CYS R SG 4.63 ( 3.50) d . .
: 154 LEU R N 5.47 ( 6.94) . . .
: 289 SER R O 5.48 ( 6.50) . . .
: 290 SER R OG 5.80 ( 5.25) . . .
: 310 TRP R O 5.60 ( 7.20) . . .
: 311 TYR R CE1 4.90 ( 4.10) . . .
: 312 ASP R O 5.92 ( 6.38) . . .
: 313 ASN R N 5.62 ( 5.56) . . .
: 316 GLY R C 5.77 ( 6.02) . . .
: 317 TYR R CD1 5.98 ( 5.56) . . .
Site 4: 148 SER R O 5.25 ( 7.44) . . .
: 149 CYS R O 3.30 ( 4.35) d . .
: 150 THR R O 5.01 ( 5.39) . . .
: 152 ASN R O 5.84 ( 5.43) . . .
: 153 CYS R SG 4.76 ( 4.05) d . .
: 289 SER R O 5.14 ( 6.35) . . .
: 290 SER R CB 5.34 ( 5.23) . . .
: 310 TRP R O 5.22 ( 6.80) . . .
: 311 TYR R CE1 4.59 ( 3.47) . . .
: 312 ASP R O 5.19 ( 5.58) . . .
: 313 ASN R O 5.90 ( 4.95) . . .
: 316 GLY R C 5.41 ( 5.49) . . .
: 317 TYR R CB 5.62 ( 5.44) . . .
: 148 SER G O 5.60 ( 7.67) . . .
: 149 CYS G O 3.42 ( 4.38) d . .
: 150 THR G O 5.60 ( 5.71) . . .
: 152 ASN G CB 5.43 ( 6.08) . . .
: 153 CYS G SG 5.43 ( 4.90) d . .
: 238 SER G O 5.93 ( 7.16) . . .
: 289 SER G O 5.21 ( 6.41) . . .
: 310 TRP G O 4.55 ( 6.73) . . .
: 311 TYR G OH 5.98 ( 3.70) . . .
: 312 ASP G OD1 5.05 ( 5.32) . . .
: 313 ASN G CG 5.19 ( 3.64) . . .
: 314 GLU G N 5.91 ( 7.20) . . .
: 316 GLY G C 5.30 ( 5.23) . . .
: 317 TYR G CB 5.66 ( 5.59) . . .
Site 5: 165 PHE R CE1 5.34 ( 8.59) . . H
: 246 LEU R CD1 5.87 ( 8.67) . . E
: 248 LYS R O 4.64 ( 5.91) . . .
: 249 GLU R O 4.48 ( 5.78) . . .
: 250 CYS R SG 1.16 ( 2.63) . . .
: 251 SER R OG 5.95 ( 3.97) . . H
: 252 TYR R N 4.84 ( 5.56) . . H
: 254 ASP R CB 5.43 ( 6.45) . . H
: 255 ILE R CG2 5.81 ( 5.99) . . H
: 302 LYS R O 4.44 ( 5.97) . . .
: 305 VAL R CG1 4.71 ( 6.46) . . E
: 165 PHE G CE2 5.06 ( 8.90) . . .
: 246 LEU G CD1 4.81 ( 8.21) . . .
: 249 GLU G O 5.17 ( 6.43) . . .
: 250 CYS G SG 2.76 ( 2.84) . . .
: 251 SER G OG 5.11 ( 3.68) . . .
: 252 TYR G O 5.72 ( 4.30) . . .
: 253 ASP G N 5.95 ( 7.14) . . .
: 254 ASP G CB 5.29 ( 6.02) . . .
: 255 ILE G CD1 2.98 ( 5.36) . . .
: 300 LEU G CD1 5.97 ( 6.00) . . .
: 301 SER G N 5.72 ( 6.34) . . .
: 302 LYS G O 5.15 ( 6.43) . . .
: 304 PHE G O 5.85 ( 7.42) . . .
: 305 VAL G CG1 4.88 ( 6.03) . . .
Site 6: 165 PHE G CE2 5.19 ( 8.89) . . .
: 246 LEU G CD1 4.86 ( 8.10) . . .
: 249 GLU G O 5.74 ( 6.96) . . .
: 250 CYS G SG 3.09 ( 3.53) . . .
: 251 SER G OG 5.79 ( 4.38) . . .
: 252 TYR G O 5.72 ( 4.37) . . .
: 254 ASP G CB 5.81 ( 6.41) . . .
: 255 ILE G CD1 2.37 ( 5.25) . . .
: 299 GLN G O 6.00 ( 7.86) . . .
: 300 LEU G CB 5.15 ( 5.85) . . .
: 301 SER G N 5.71 ( 6.46) . . .
: 302 LYS G O 5.44 ( 6.81) . . .
: 304 PHE G O 5.58 ( 7.13) . . .
: 305 VAL G CG1 4.21 ( 5.42) . . .
: 165 PHE R CE1 5.31 ( 8.55) . . .
: 246 LEU R CD1 5.58 ( 8.50) . . .
: 248 LYS R O 5.05 ( 6.26) . . .
: 249 GLU R O 5.11 ( 6.46) . . .
: 250 CYS R SG 1.40 ( 3.44) . . .
: 251 SER R O 4.03 ( 4.37) . . .
: 252 TYR R N 4.84 ( 5.37) . . .
: 254 ASP R CB 5.84 ( 6.72) . . .
: 255 ILE R CG1 5.89 ( 5.82) . . .
: 301 SER R O 5.93 ( 7.54) . . .
: 302 LYS R O 4.63 ( 6.18) . . .
: 305 VAL R CG1 3.94 ( 5.79) . . .
Site 7: 165 PHE G CE2 5.28 ( 8.83) . . H
: 246 LEU G CD1 4.70 ( 7.87) . . E
: 249 GLU G O 5.87 ( 7.01) . . .
: 250 CYS G SG 3.10 ( 3.69) . . .
: 251 SER G O 3.89 ( 4.72) . . H
: 252 TYR G O 5.97 ( 4.63) . . H
: 255 ILE G CD1 2.32 ( 5.44) . . H
: 299 GLN G O 5.84 ( 7.77) . . E
: 300 LEU G CB 5.21 ( 5.81) . . E
: 301 SER G N 5.63 ( 6.39) . . E
: 302 LYS G O 5.37 ( 6.78) . . .
: 304 PHE G O 5.32 ( 6.83) . . E
: 305 VAL G CG1 3.84 ( 5.09) . . E
: 165 PHE R CE1 5.37 ( 8.48) . . .
: 246 LEU R CD1 5.36 ( 8.26) . . .
: 248 LYS R O 5.13 ( 6.24) . . .
: 249 GLU R O 5.36 ( 6.65) . . .
: 250 CYS R SG 1.54 ( 3.74) . . .
: 251 SER R O 4.33 ( 4.69) . . .
: 252 TYR R N 5.07 ( 5.54) . . .
: 255 ILE R CG1 5.91 ( 5.99) . . .
: 301 SER R O 5.73 ( 7.41) . . .
: 302 LYS R O 4.51 ( 6.10) . . .
: 304 PHE R O 5.77 ( 6.30) . . .
: 305 VAL R CG1 3.60 ( 5.48) . . .
Site 8: 165 PHE R CE1 5.80 ( 9.08) . . .
: 248 LYS R O 5.25 ( 6.43) . . .
: 249 GLU R O 5.08 ( 6.38) . . .
: 250 CYS R SG 1.71 ( 3.08) . . .
: 251 SER R OG 5.90 ( 3.80) . . .
: 252 TYR R N 4.45 ( 5.14) . . .
: 254 ASP R CB 5.65 ( 6.58) . . .
: 255 ILE R CG2 5.60 ( 6.04) . . .
: 300 LEU R CB 5.81 ( 6.58) . . .
: 301 SER R O 5.78 ( 7.25) . . .
: 302 LYS R O 4.53 ( 5.88) . . .
: 305 VAL R CG1 4.38 ( 6.01) . . .
: 165 PHE G CE2 5.59 ( 9.40) . . .
: 246 LEU G CD1 5.17 ( 8.51) . . .
: 249 GLU G O 5.77 ( 6.93) . . .
: 250 CYS G SG 2.74 ( 3.34) . . .
: 251 SER G OG 5.43 ( 3.82) . . .
: 252 TYR G CD1 5.99 ( 3.97) . . .
: 253 ASP G N 5.82 ( 7.07) . . .
: 254 ASP G CB 5.67 ( 6.28) . . .
: 255 ILE G CD1 2.94 ( 5.49) . . .
: 299 GLN G O 5.87 ( 7.66) . . .
: 300 LEU G CD1 5.59 ( 5.44) . . .
: 301 SER G N 5.32 ( 6.07) . . .
: 302 LYS G O 5.38 ( 6.53) . . .
: 304 PHE G O 5.56 ( 7.26) . . .
: 305 VAL G CG1 4.69 ( 5.64) . . .
| PROTEIN: 1HMQ HEMERYTHRIN (MET)
|
Bound Ligands : FEO MU-OXO-DIIRON:
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.: 35.000 % MPD
Buffer & conc.: 0.050 M TRIS/HCL
Addict & conc.:
Comments :
Reference : CLARKE et.al. 1979 :STENKAMP et.al. 1976 :1978 :
pH 7.5 Soak time = 576.00 Hours Reference number = 26.00
Site 1: 4 HOH A O 5.41 (-1.00) . . .
: 24 GLU B OE1 5.36 ( 5.10) . . H
: 27 THR B OG1 3.21 ( 5.46) . . H
: 28 LEU B CD2 5.33 ( 7.19) . . H
: 49 ARG B NH1 5.22 ( 6.73) . . H
: 50 CYS B SG 3.36 ( 3.54) . . H
: 51 THR B N 5.57 ( 6.61) . . H
: 53 LYS B NZ 1.32 ( 5.83) . . H
: 54 HIS B CB 5.52 ( 5.84) . . H [Het: FEOFE2 - CD2 3.30]
: 56 HOH B O 4.78 (-1.00) . . .
: 98 HOH B O 5.60 (-1.00) . . .
: 23 ASP A OD1 2.86 ( 5.53) . . .
: 26 LYS A NZ 5.88 ( 9.21) . . .
: 52 HOH A O 4.66 (-1.00) . . .
: 57 HOH A O 5.94 (-1.00) . . .
: 87 HOH A O 1.26 (-1.00) . . .
: 104 HOH A O 4.26 (-1.00) . . .
: 6 HOH B O 5.62 (-1.00) . . .
Site 2: 6 HOH A O 5.83 (-1.00) . . .
: 23 ASP B OD1 2.80 ( 5.48) . . H
: 26 LYS B NZ 5.72 ( 9.20) . . H
: 52 HOH B O 5.23 (-1.00) . . .
: 57 HOH B O 5.72 (-1.00) . . .
: 87 HOH B O 1.79 (-1.00) . . .
: 104 HOH B O 4.18 (-1.00) . . .
: 24 GLU A OE1 5.93 ( 5.23) . . .
: 27 THR A OG1 3.32 ( 5.42) . . .
: 28 LEU A CD2 5.67 ( 7.21) . . .
: 49 ARG A NH1 5.08 ( 6.78) . . .
: 50 CYS A SG 3.29 ( 3.58) . . .
: 51 THR A N 5.56 ( 6.63) . . .
: 53 LYS A NZ 2.08 ( 5.78) . . .
: 54 HIS A CB 5.82 ( 5.95) . . . [Het: FEOFE2 - CD2 3.10]
: 56 HOH A O 4.05 (-1.00) . . .
: 98 HOH A O 5.46 (-1.00) . . .
Site 3: 8 TYR B O 4.55 ( 6.53) . . .
: 9 CYS B SG 2.22 ( 4.29) . . .
: 10 TRP B N 5.20 ( 6.47) . . .
: 26 LYS B O 5.59 ( 6.93) . . H
: 29 PHE B O 5.81 ( 6.32) . . H
: 30 ASN B OD1 4.66 ( 4.81) . . H
: 33 LEU B CD2 4.31 ( 6.93) . . H
: 36 HOH B O 1.69 (-1.00) . . .
: 49 HOH B O 2.87 (-1.00) . . .
: 8 TYR A O 4.80 ( 6.76) . . .
: 9 CYS A SG 2.83 ( 4.38) . . .
: 10 TRP A N 5.22 ( 6.49) . . .
: 26 LYS A O 5.80 ( 7.07) . . .
: 29 PHE A CB 5.77 ( 6.45) . . .
: 30 ASN A OD1 4.85 ( 5.06) . . .
: 33 LEU A CD1 5.83 ( 7.25) . . .
: 36 HOH A O 2.81 (-1.00) . . .
: 49 HOH A O 3.60 (-1.00) . . .
Site 4: 24 GLU C OE1 5.88 ( 5.12) . . H
: 27 THR C OG1 3.28 ( 5.48) . . H
: 28 LEU C CD2 5.69 ( 7.19) . . H
: 49 ARG C NH1 5.29 ( 6.79) . . H
: 50 CYS C SG 3.48 ( 3.55) . . H
: 51 THR C N 5.62 ( 6.63) . . H
: 53 LYS C NZ 2.18 ( 5.97) . . H
: 54 HIS C CB 5.64 ( 5.79) . . H [Het: FEOFE2 - CD2 3.20]
: 56 HOH C O 2.96 (-1.00) . . .
: 98 HOH C O 5.45 (-1.00) . . .
: 23 ASP D OD1 2.59 ( 5.48) . . H
: 26 LYS D NZ 5.99 ( 9.30) . . H
: 56 HOH D O 5.09 (-1.00) . . .
: 57 HOH D O 5.52 (-1.00) . . .
: 87 HOH D O 1.78 (-1.00) . . .
: 104 HOH D O 4.91 (-1.00) . . .
: 4 HOH D O 5.54 (-1.00) . . .
: 6 HOH C O 5.97 (-1.00) . . .
Site 5: 23 ASP C OD1 2.89 ( 5.69) . . H
: 26 LYS C NZ 5.96 ( 9.32) . . H
: 87 HOH C O 1.60 (-1.00) . . .
: 104 HOH C O 3.70 (-1.00) . . .
: 24 GLU D OE1 5.72 ( 5.20) . . H
: 27 THR D OG1 3.47 ( 5.65) . . H
: 28 LEU D CD1 5.29 ( 7.21) . . H
: 49 ARG D NH1 5.05 ( 6.66) . . H
: 50 CYS D SG 3.29 ( 3.43) . . H
: 51 THR D N 5.44 ( 6.50) . . H
: 53 LYS D NZ 1.82 ( 5.56) . . H
: 54 HIS D CB 5.66 ( 5.78) . . H
: 56 HOH D O 5.69 (-1.00) . . .
: 98 HOH D O 5.40 (-1.00) . . .
: 6 HOH D O 5.86 (-1.00) . . .
Site 6: 8 TYR C O 4.52 ( 6.40) . . .
: 9 CYS C SG 2.56 ( 4.13) . . .
: 10 TRP C N 5.27 ( 6.54) . . .
: 26 LYS C O 5.87 ( 7.26) . . H
: 29 PHE C CB 5.90 ( 6.62) . . H
: 30 ASN C OD1 4.73 ( 5.08) . . H
: 33 LEU C CD2 4.93 ( 7.14) . . H
: 36 HOH C O 1.93 (-1.00) . . .
: 49 HOH C O 3.36 (-1.00) . . .
: 8 TYR D O 4.31 ( 6.33) . . .
: 9 CYS D SG 1.83 ( 4.05) . . .
: 10 TRP D N 5.17 ( 6.55) . . .
: 26 LYS D O 5.75 ( 7.14) . . H
: 29 PHE D O 5.90 ( 6.37) . . H
: 30 ASN D OD1 4.78 ( 4.82) . . H
: 33 LEU D CD2 3.98 ( 6.91) . . H
: 36 HOH D O 1.62 (-1.00) . . .
: 49 HOH D O 3.80 (-1.00) . . .
: 30 HOH C O 5.84 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 1LH1 LEGHEMOGLOBIN (ACETATE MET)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINS FE3+: ACE ACETATE ION:
Hev Atom conc.: 0.050 mM
Precip & conc.:
Buffer & conc.: 2.000 M PHOSPHATE
Addict & conc.: POTASSIUM IODIDE
Comments : KI ADDED TO TAKE UP HGI2;XL'S PLACED ON SURFACE SO
Reference : VAINSHTEIN et.al. 1975a:1975b:1978 :
pH 7.0 Soak time = Hours Reference number = 247.01
Site 1: 4 THR O 5.86 ( 7.57) . . .
: 5 GLU O 5.24 ( 7.02) . . .
: 6 SER OG 5.26 ( 4.42) . . .
: 7 GLN CG 4.85 ( 2.92) . . .
: 8 ALA O 5.23 ( 4.72) . . .
: 9 ALA O 4.48 ( 4.17) . . .
: 10 LEU CD1 2.55 ( 2.59) . . .
: 11 VAL N 4.26 ( 5.84) . . .
: 129 GLU O 5.70 ( 6.77) . . H
: 130 LEU CD1 5.70 ( 5.80) . . H
: 133 ALA CB 5.48 ( 6.94) . . H
: 70 HOH O 4.39 (-1.00) . . .
: 3 LEU CD1 5.41 ( 5.81) . . .
: 4 THR O 5.62 ( 7.80) . . .
: 6 SER O 4.46 ( 7.01) . . .
: 7 GLN CD 5.49 ( 3.17) . . .
: 8 ALA O 3.99 ( 2.98) . . .
: 9 ALA O 4.84 ( 4.67) . . .
: 10 LEU CD1 4.92 ( 3.13) . . .
: 11 VAL CG2 3.84 ( 4.60) . . .
: 12 LYS N 5.75 ( 7.18) . . .
: 129 GLU O 5.46 ( 7.66) . . H
: 130 LEU CD1 5.28 ( 5.61) . . H
: 133 ALA O 5.93 ( 4.62) . . H
Site 2: 58 PRO CD 5.93 ( 4.45) . . H
: 61 GLN NE2 5.76 ( 7.51) . . H
: 62 ALA CB 5.55 ( 6.54) . . H
: 56 HOH O 5.74 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 1LYZ LYSOZYME (HEN EGG-WHITE W2)
|
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 0.850 M SODIUM CHLORIDE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : BLAKE et.al. 1962 :1965 :
pH 4.7 Soak time = Hours Reference number = 111.08
Site 1: 93 ASN OD1 5.48 ( 7.11) . . T
: 91 HOH O 3.10 (-1.00) . . .
: 93 ASN OD1 5.48 ( 7.11) . . T
: 91 HOH O 3.10 (-1.00) . . .
Site 2: 73 HOH O 4.22 (-1.00) . . .
: 91 HOH O 2.16 (-1.00) . . .
: 73 HOH O 4.22 (-1.00) . . .
: 91 HOH O 2.16 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 1MBN MYOGLOBIN (SPERM WHALE, MET)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX WITH FE(OH), FERRIC:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 3.000 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments : HEAVY ATOM IN HGI3- FORM
Reference : BLUHM et.al. 1958 :KRETSINGER et.al. 1968a:1968b:TAKANO et.al. 1977 :
pH 6.5 Soak time = Hours Reference number = 146.03
Site 1: 72 LEU CD1 5.22 ( 6.88) . . T
: 75 ILE CD1 5.05 ( 8.61) . . T
: 86 LEU CD1 4.48 ( 7.06) . . T
: 89 LEU CD1 5.22 ( 7.12) . . T [Het: HEM CHB - CD1 3.40]
: 104 LEU CD1 3.60 ( 6.08) . s T
: 138 PHE CE1 1.83 ( 5.46) . . T
: 139 ARG N 5.82 ( 6.33) . . T
: 142 ILE CD1 2.92 ( 6.65) . . T
: 1 HEM CBB 4.20 (-1.00) . . .
Site 2: 109 GLU OE1 3.21 ( 6.63) . . T
: 112 ILE CD1 5.34 ( 7.13) . . T
: 128 GLN CD 5.84 ( 7.87) . . T
: 132 ASN CG 5.40 ( 6.92) . . T
: 88 PRO O 5.33 ( 6.60) . . T
: 91 GLN CB 5.85 ( 6.54) . . T
: 92 SER CB 4.76 ( 4.87) . . T [Het: HEM O2A - CB 3.50]
: 95 THR OG1 5.54 ( 7.71) . . T
: 96 LYS NZ 4.77 ( 7.66) . . T
: 147 LYS NZ 4.82 (10.09) . . H
| PROTEIN: 1MBS MYOGLOBIN (SEAL, MET)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX WITH FE3+:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 0.000 M
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments : CO-CRYSTALLIZATION
Reference : BAKER et.al. 1978 :SCOULOUDI et.al. 1969 :
pH Soak time = Hours Reference number = 29.00
Site 1: 72 LEU CD2 4.52 ( 6.59) . . H [Het: HEM CBB - CD2 3.80]
: 75 ILE CG1 5.96 ( 7.31) . . H
: 86 LEU CD1 5.83 ( 7.32) . . H
: 89 LEU CD1 4.83 ( 6.97) . . H [Het: HEM CHB - CD1 3.00]
: 93 HIS ND1 5.65 ( 9.03) . . H [Het: HEMFE - CE1 3.60]
: 104 LEU CD1 5.38 ( 7.97) . . H
: 138 PHE CE1 2.86 ( 5.99) . . H [Het: HEM CBB - CE2 4.10]
: 139 ARG N 5.90 ( 6.18) . . H
: 142 ILE CG1 5.28 ( 6.36) . . H
: 1 HEM CBB 3.42 (-1.00) . . .
: 147 LYS O 4.77 ( 6.82) . . H
: 148 GLU OE1 5.53 ( 5.88) . . H
: 151 PHE O 5.32 ( 7.61) . . .
: 152 HIS NE2 4.14 ( 4.95) . . .
: 153 GLY O 5.51 ( 4.70) . . .
Site 2: 87 LYS NZ 4.76 ( 4.96) . . H
: 88 PRO O 5.86 ( 4.96) . . H
: 91 GLN OE1 4.25 ( 5.57) . . H
: 145 LYS NZ 4.48 ( 9.46) . . H
: 94 ALA CB 5.80 ( 6.63) . . H
: 95 THR OG1 3.65 ( 5.12) . . H
: 150 GLY O 4.33 ( 6.37) . . .
: 151 PHE CB 5.79 ( 6.38) . . .
| PROTEIN: 1OVO OVOMUCOID THIRD DOMAIN (JAPANESE QUAIL)
|
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.:
Buffer & conc.: 1.500 M CITRATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : WEBER et.al. 1981 :
pH 9.0 Soak time = 48.00 Hours Reference number = 68.00
Site 1: 17 PRO B CD 5.40 ( 6.58) . . .
: 19 ASP B OD1 4.55 ( 6.78) . . .
: 33 ASN B CG 5.92 ( 7.10) . . .
: 34 LYS B CB 5.95 ( 6.81) . . .
: 426 HOH O 5.82 (-1.00) . . .
: 18 LYS D NZ 5.33 ( 6.66) . . .
Site 2: 21 ARG D NH2 5.74 (11.58) . . .
: 14 PRO D CD 4.22 ( 6.27) . . .
: 18 LYS B O 5.66 ( 7.31) . . .
: 19 ASP B O 5.86 ( 7.51) . . .
: 20 TYR B CE2 4.09 ( 5.46) . . .
: 30 THR B O 5.95 ( 7.64) . . E
: 31 TYR B O 5.65 ( 6.10) . . E
: 32 SER B OG 3.45 ( 3.27) . . E
: 33 ASN B N 5.46 ( 6.75) . . .
: 36 ASN B OD1 6.00 ( 8.75) . . .
: 434 HOH O 4.74 (-1.00) . . .
Site 3: 14 PRO B CD 5.02 ( 6.63) . . .
: 12 PRO C O 5.48 ( 6.78) . . .
: 13 LYS C O 5.36 ( 5.10) . . .
: 14 PRO C CD 3.19 ( 3.57) . . .
: 15 ALA C N 5.80 ( 7.20) . . .
| PROTEIN: 1PYP INORGANIC PYROPHOSPHATASE
|
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.: 28.000 % MPD
Buffer & conc.: 0.030 M MES
Addict & conc.:
Comments : X-LINKED; 0.05% (V/V) GLUTARALDEHYDE 18.0 TO 24.0
Reference : MAKHALDIANI et.al. 1980 :SMIRNOVA et.al. 1980 :
pH 6.0 Soak time = 336.00 Hours Reference number = 86.01
Site 1: 225 TRP CH2 5.45 ( 7.87) . . T
: 226 LYS CD 4.98 ( 4.56) . . T
: 227 GLN N 5.44 ( 5.93) . . T
: 228 LEU N 5.96 ( 6.60) . . T
: 229 ILE CD1 2.55 ( 4.29) . . T
: 230 ALA N 4.24 ( 5.08) . . T
: 246 LEU CD2 4.09 ( 7.14) . . T
: 248 ASP O 5.55 ( 7.11) . . T
: 249 THR OG1 4.87 ( 6.89) . . T
Site 2: 1 THR OG1 4.54 ( 4.74) . . .
: 31 ASP O 4.97 ( 7.12) . . T [Het: NADAC8 - O 3.60]
: 32 ILE CD1 4.37 ( 4.37) . . T [Het: NADAO4* - CG 3.90]
: 33 PRO CD 2.95 ( 4.80) . . T [Het: NADAC2* - O 3.90]
: 34 LEU N 5.45 ( 6.21) . . T [Het: NADAC2* - CB 3.80]
: 36 ALA CB 5.29 ( 6.76) . . T
: 44 ASN CG 3.99 ( 5.98) . . E
: 133 VAL CG1 4.99 ( 7.54) . . E
Bound Ligands : CYA TWO OXYGEN ATOMS BOUND TO SG OF CYS-25.: NH4 AMMONIUM ION:
Hev Atom conc.: 5.000 mM
Precip & conc.: 25.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: SODIUM ACETATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : BAKER et.al. 1976 :1977 :
pH 5.5 Soak time = 168.00 Hours Reference number = 42.03
Site 1: 26 TRP CB 5.55 ( 6.27) . . T [Het: CYA OD2 - N 3.00]
: 68 GLY O 3.18 ( 5.36) . . T
: 69 TYR OH 5.73 ( 5.02) . s H
: 70 ILE N 5.91 ( 7.14) . s H
: 136 ALA CB 4.96 ( 6.37) . s E
: 160 VAL O 5.09 ( 6.53) . s T
: 161 ASP O 4.96 ( 4.73) . . T
: 162 HIS C 5.72 ( 5.71) . s E [Het: CYA OD1 - ND1 3.90]
: 163 ALA N 5.54 ( 6.05) . s E [Het: CYA OD2 - N 3.10]
: 211 MET CE 4.92 ( 9.46) . s T
: 1 CYA I OD2 4.92 (-1.00) . . .
: 68 HOH O 5.14 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 3.85 (-1.00) . . .
: 162 HOH O 1.21 (-1.00) . . .
: 201 HOH O 4.05 (-1.00) . . .
: 212 HOH O 2.30 (-1.00) . . .
: 222 HOH O 4.60 (-1.00) . . .
: 224 HOH O 3.37 (-1.00) . . .
Site 2: 244 HOH O 4.58 (-1.00) . . .
: 245 HOH O 3.26 (-1.00) . . .
: 246 HOH O 3.50 (-1.00) . . .
: 247 HOH O 4.97 (-1.00) . . .
: 266 HOH O 0.89 (-1.00) . . .
: 272 HOH O 2.30 (-1.00) . . .
: 81 GLY O 5.58 ( 7.82) . . H
: 106 LYS CD 5.32 ( 4.70) . . T [Het: NH4 N - CA 3.90]
: 107 TYR O 5.39 ( 4.99) . . T
: 108 VAL N 5.85 ( 6.67) . . T
: 109 THR CG2 5.27 ( 7.43) . . T
: 76 PHE CE1 5.96 ( 6.46) . . H
: 79 ASN ND2 4.41 ( 5.65) . . H
: 80 ASP N 5.98 ( 6.53) . . H [Het: NH4 N - OD1 3.60]
: 87 HOH O 5.06 (-1.00) . . .
: 94 HOH O 5.49 (-1.00) . . .
: 97 HOH O 2.69 (-1.00) . . .
: 109 HOH O 4.21 (-1.00) . . .
: 117 HOH O 2.91 (-1.00) . . .
: 154 HOH O 4.48 (-1.00) . . .
: 204 HOH O 2.88 (-1.00) . . .
Site 3: 119 ASN ND2 5.49 ( 7.25) . . T
: 201 GLY O 5.90 ( 6.21) . . T
: 202 GLY O 5.73 ( 3.56) . . T
: 203 ALA N 5.19 ( 6.55) . . T
: 164 HOH O 4.02 (-1.00) . . .
: 255 HOH O 5.02 (-1.00) . . .
: 256 HOH O 2.73 (-1.00) . . .
: 271 HOH O 3.25 (-1.00) . . .
: 6 ASP O 5.68 ( 7.50) . . E
: 9 SER OG A 4.12 ( 5.57) . . T
: 10 ALA CB 4.50 ( 4.76) . . T
: 49 HOH O 4.39 (-1.00) . . .
: 95 HOH O 4.47 (-1.00) . . .
: 147 HOH O 0.83 (-1.00) . . .
: 169 HOH O 5.44 (-1.00) . . .
: 80 HOH O 5.04 (-1.00) . . .
: 187 HOH O 5.28 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 2CCY CYTOCHROME C (PRIME) [RHODOSPIRILLUM MOLISCHIANUM)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINS FE(III):
Hev Atom conc.: 0.300 mM
Precip & conc.: 65.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.: 0.100 M MAGNESIUM NITRATE
Comments :
Reference : FINZEL et.al. 1985 :WEBER et.al. 1981 :
pH 4.2 Soak time = 48.00 Hours Reference number = 23.01
Site 1: 20 LYS B CG 5.77 ( 7.09) . . H [Het: HEM CMA - CB 3.90]
: 118 CYS B CB 5.84 ( 7.18) . . H [Het: HEM CHC - CA 3.50]
: 122 HIS B NE2 5.81 ( 8.50) . . H [Het: HEMFE - CG 4.20]
: 1 HEM B N B 5.94 (-1.00) . . .
: 319 HOH O 4.44 (-1.00) . . .
: 321 HOH O 2.90 (-1.00) . . .
: 329 HOH O 3.83 (-1.00) . . .
: 335 HOH O 0.98 (-1.00) . . .
: 338 HOH O 4.35 (-1.00) . . .
: 339 HOH O 4.92 (-1.00) . . .
: 344 HOH O 5.95 (-1.00) . . .
: 540 HOH O 5.68 (-1.00) . . .
Site 2: 20 LYS A CD 5.77 ( 7.04) . . . [Het: HEM CMA - CD 3.80]
: 122 HIS A NE2 5.51 ( 8.46) . . H [Het: HEMFE - ND1 4.20]
: 1 HEM A N B 5.84 (-1.00) . . .
: 228 HOH O 4.80 (-1.00) . . .
: 229 HOH O 1.99 (-1.00) . . .
: 230 HOH O 1.99 (-1.00) . . .
: 231 HOH O 4.85 (-1.00) . . .
: 233 HOH O 3.91 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 2FB4 IMMUNOGLOBULIN FAB (LAMBDA) KOL
|
Hev Atom conc.: 100% SATURATION
Precip & conc.: 1.900 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : MATSUSHIMA et.al. 1978 :
pH 8.0 Soak time = Hours Reference number = 84.03
Site 1: 152 ALA L CB 4.83 ( 6.29) . . .
: 186 GLN L NE2 5.75 ( 6.13) . . .
: 189 SER L OG 5.59 ( 7.62) . . .
: 190 HIS L NE2 2.78 ( 7.15) . . .
: 193 TYR L OH 4.80 ( 9.76) . . .
Site 2: 186 GLN L NE2 5.05 ( 5.37) . . .
: 189 SER L OG 4.87 ( 7.21) . . .
: 190 HIS L NE2 4.62 ( 8.33) . . .
Site 3: 152 ALA L CB 4.32 ( 5.81) . . .
: 157 VAL L CG1 4.80 ( 5.31) . . .
: 158 LYS L N 5.92 ( 6.98) . . .
: 180 LEU L CD2 5.77 ( 8.98) . . .
: 182 LEU L CD2 4.49 ( 6.77) . . .
: 186 GLN L OE1 5.79 ( 5.45) . . .
: 190 HIS L NE2 4.24 ( 7.62) . . .
: 193 TYR L OH 2.98 ( 8.24) . . .
Site 4: 38 LEU L CD2 5.19 ( 7.24) . . .
: 41 MET L SD 2.78 ( 5.59) . . .
: 16 HOH L O 5.88 (-1.00) . . .
: 15 GLY L O 5.92 ( 7.87) . . .
: 17 ARG L CD 5.62 ( 6.02) . . .
: 75 GLY L O 3.92 ( 4.04) . . .
: 76 GLY L N 4.56 ( 5.26) . . .
: 11 HOH L O 5.98 (-1.00) . . .
Site 5: 60 ARG L NH1 5.59 ( 8.02) . . .
: 78 GLN L OE1 4.13 ( 8.75) . . .
: 19 HOH L O 4.84 (-1.00) . . .
: 5 THR L CG2 4.89 ( 6.83) . . .
: 7 PRO L CD 5.61 ( 6.00) . . .
: 21 SER L OG 4.78 ( 7.07) . . .
: 23 SER L OG 5.40 ( 6.58) . . .
: 15 HOH L O 3.48 (-1.00) . . .
Site 6: 58 PRO L CG 5.51 ( 5.12) . . .
: 59 ASP L CB 5.20 ( 5.54) . . .
: 60 ARG L NH1 4.20 ( 5.70) . . .
: 78 GLN L OE1 5.25 ( 9.32) . . .
: 19 HOH L O 3.78 (-1.00) . . .
: 7 PRO L CG 5.78 ( 6.27) . . .
: 21 SER L OG 5.70 ( 7.95) . . .
: 15 HOH L O 5.77 (-1.00) . . .
Site 7: 58 PRO L CD 5.62 ( 5.11) . . .
: 60 ARG L NH1 2.99 ( 7.03) . . .
: 78 GLN L OE1 4.15 ( 8.04) . . .
: 80 GLU L OE1 5.83 ( 8.96) . . .
: 19 HOH L O 1.07 (-1.00) . . .
: 7 PRO L CD 4.94 ( 5.59) . . .
: 21 SER L OG 3.60 ( 5.57) . . .
: 15 HOH L O 4.86 (-1.00) . . .
Site 8: 139 SER L OG 5.54 ( 6.38) . . .
: 140 ASP L OD1 5.45 ( 7.00) . . .
: 169 GLN L OE1 3.39 ( 6.01) . . .
: 171 ASN L OD1 5.54 ( 7.63) . . .
: 175 ALA L CB 5.07 ( 6.39) . . .
: 169 HIS H NE2 2.00 ( 5.10) . . .
: 170 THR H O 5.55 ( 6.77) . . .
: 171 PHE H CE2 5.86 ( 6.62) . . .
Site 9: 41 PRO H CD 5.55 ( 5.70) . . .
: 92 GLY H O 5.83 ( 6.12) . . .
: 93 VAL H CG2 4.43 ( 6.12) . . .
: 113 PRO H CG 5.91 ( 5.85) . . .
: 115 THR H OG1 5.87 ( 7.67) . . .
: 45 HOH H O 3.42 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 2FBJ IGA FAB (KAPPA) J539
|
Bound Ligands : NAG N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE: FUC FUCOSE: ZN ZINC ION (ZN ++):
Hev Atom conc.: 0.300 mM
Precip & conc.: 45.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.070 M IMIDAZOLE
Addict & conc.: 0.030 M ZINC SULPHATE
Comments :
Reference : NAVIA et.al. 1979 :
pH 6.8 Soak time = 336.00 Hours Reference number = 211.02
Site 1: 3 HOH O 5.98 (-1.00) . . .
: 32 TYR H OH 4.13 ( 7.21) . . .
: 98 ARG H NH1 5.87 ( 7.79) . . .
: 99 LEU H O 4.73 ( 6.74) . . .
: 100 HIS H NE2 2.44 ( 4.30) . . .
: 101 TYR H CE1 4.94 ( 6.61) . . .
: 106 ALA H CB 5.69 ( 7.16) . . .
: 231 HOH O 4.88 (-1.00) . . .
: 246 HOH O 5.22 (-1.00) . . .
: 250 HOH O 1.61 (-1.00) . . .
: 258 HOH O 2.53 (-1.00) . . .
: 263 HOH O 5.63 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 2GCH GAMMA-CHYMOTRYPSIN
|
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 65.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.010 M SODIUM CACODYLATE
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : COHEN et.al. 1969 :1981 :
pH 5.6 Soak time = 168.00 Hours Reference number = 227.01
Site 1: 192 MET SD 5.10 ( 6.73) . s .
: 214 SER O 5.53 ( 7.57) . s E
: 215 TRP CE3 5.78 ( 4.15) . s E
: 216 GLY O 3.14 ( 4.33) . . E
: 217 SER O 4.04 ( 5.34) . . E
: 218 SER O 5.98 ( 4.73) . s E
: 1 HOH O 3.81 (-1.00) . . .
: 2 HOH O 4.69 (-1.00) . . .
: 3 HOH O 3.96 (-1.00) . . .
: 4 HOH O 2.91 (-1.00) . . .
: 5 HOH O 4.65 (-1.00) . . .
: 78 HOH O 4.22 (-1.00) . . .
: 82 HOH O 3.35 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 1.78 (-1.00) . . .
: 92 HOH O 5.85 (-1.00) . . .
: 94 HOH O 5.02 (-1.00) . . .
: 143 HOH O 5.56 (-1.00) . . .
: 89 HOH O 5.19 (-1.00) . . .
Site 2: 91 ASN OD1 5.51 ( 7.99) . . E
: 93 LYS NZ 2.70 ( 6.84) . . .
: 233 ALA O 5.52 ( 7.75) . . H
: 236 ASN C 5.99 ( 6.54) . . H
: 237 TRP CD1 5.41 ( 5.26) . . H
: 68 HOH O 4.34 (-1.00) . . .
: 69 HOH O 3.85 (-1.00) . . .
: 114 HOH O 4.99 (-1.00) . . .
: 117 HOH O 3.04 (-1.00) . . .
: 5 ALA O 5.38 ( 4.66) . . .
: 116 GLN NE2 4.41 ( 6.35) . . .
: 112 HOH O 3.91 (-1.00) . . .
Site 3: 186 SER C 5.86 ( 6.35) . . E
: 187 GLY N 5.76 ( 5.77) . . .
: 223 SER OG 5.72 ( 6.54) . . E
: 101 HOH O 2.81 (-1.00) . . .
: 10 LEU CD1 3.74 ( 6.32) . . .
: 202 LYS CG 5.74 ( 7.90) . . .
: 207 TRP CH2 5.22 (10.65) . . .
: 83 HOH O 2.92 (-1.00) . . .
: 136 HOH O 5.49 (-1.00) . . .
: 140 HOH O 3.97 (-1.00) . . .
Site 4: 1 CYS N 4.97 ( 5.52) d . .
: 49 GLU OE2 5.75 ( 8.42) . . E
: 114 PHE CE2 4.44 ( 6.95) . . .
: 119 SER CB 5.26 ( 5.86) . . .
: 120 ALA N 5.37 ( 6.03) . . .
: 54 HOH O 2.28 (-1.00) . . .
: 61 HOH O 5.65 (-1.00) . . .
: 53 HOH O 3.63 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 2IG2 IMMUNOGLOBULIN G1 (LAMBDA) KOL
|
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.: 0.150 M SODIUM CHLORIDE
Buffer & conc.: 0.020 M PHOSPHATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : COLMAN et.al. 1976 :
pH 7.5 Soak time = Hours Reference number = 60.00
Site 1: 4 LEU L CD2 5.87 ( 7.47) . . .
: 21 SER L OG 5.89 ( 5.55) . . .
: 22 CYS L SG 4.14 ( 3.46) d . .
: 23 SER L OG 4.35 ( 3.12) . . .
: 24 GLY L N 4.03 ( 5.30) . . .
: 27B ILE L CD1 3.78 ( 7.15) . . .
: 68 ALA L O 4.59 ( 6.04) . . .
: 69 SER L OG 3.82 ( 2.37) . . .
: 70 ALA L O 3.17 ( 3.20) . . .
: 71 SER L OG 5.64 ( 5.87) . . .
Site 2: 14 PRO L CG 4.83 ( 5.92) . . .
: 78 GLN L CG 5.43 ( 5.62) . . .
: 79 SER L OG 4.86 ( 5.03) . . .
: 107 VAL L CG1 5.98 ( 8.60) . . .
: 156 THR H O 4.48 ( 6.27) . . .
: 157 VAL H CG1 4.20 ( 2.49) . . .
: 158 SER H OG 2.14 ( 4.19) . . .
: 202 ASN H O 4.47 ( 6.91) . . .
Site 4: 2 VAL H O 4.33 ( 6.35) . . .
: 3 GLN H OE1 5.51 ( 4.29) . . .
: 4 LEU H CD1 5.18 ( 3.91) . . .
: 5 VAL H N 5.37 ( 6.09) . . .
: 107 TYR H CD1 5.98 ( 6.51) . . .
: 108 TRP H O 3.18 ( 5.51) . . .
: 109 GLY H O 5.10 ( 3.51) . . .
: 110 GLN H OE1 5.19 ( 5.88) . . .
Site 5: 38 ARG H CB 5.04 ( 5.02) . . .
: 39 GLN H NE2 5.81 ( 4.44) . . .
: 40 ALA H C 5.81 ( 5.25) . . .
: 41 PRO H N 5.90 ( 6.66) . . .
: 91 THR H O 5.05 ( 6.35) . . .
: 92 GLY H O 2.59 ( 2.75) . . .
: 93 VAL H CG1 3.45 ( 1.22) . . .
: 94 TYR H CE2 4.96 ( 4.44) . . .
: 95 PHE H CE2 5.67 ( 7.24) . . .
: 112 THR H O 4.59 ( 6.49) . . .
: 113 PRO H CB 5.72 ( 4.94) . . .
: 114 VAL H O 5.61 ( 6.25) . . .
Site 6: 14 PRO L CG 5.89 ( 7.79) . . .
: 126 VAL H CG1 3.53 ( 6.24) . . .
: 127 PHE H O 3.88 ( 4.58) . . .
: 128 PRO H CD 5.74 ( 5.87) . . .
: 145 CYS H SG 3.44 ( 4.24) d . .
: 146 LEU H O 5.48 ( 5.35) . . .
: 157 VAL H CG1 3.93 ( 6.04) . . .
: 158 SER H O 4.13 ( 5.18) . . .
: 201 CYS H SG 2.13 ( 4.47) d . .
: 202 ASN H ND2 5.45 ( 3.68) . . .
: 203 VAL H N 4.94 ( 6.50) . . .
: 212 VAL H O 5.66 ( 8.58) . . .
: 213 ASP H OD2 5.97 ( 5.91) . . .
: 214 LYS H CD 5.66 ( 5.87) . . .
| PROTEIN: 2PAD PAPAIN (CYS DERIV OF CYS-25)
|
Hev Atom conc.: 5.000 mM
Precip & conc.: METHANOL/WATER
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : DRENTH et.al. 1962 :1967 :1968 :1971 :
pH 9.3 Soak time = 48.00 Hours Reference number = 129.06
Site 1: 84 ASN O 5.80 ( 8.05) . . T
: 85 THR CA 6.00 ( 6.00) . . T
: 100 LYS NZ 5.39 ( 8.21) . . T
Site 2: 134 LEU O 5.70 ( 8.07) . . T
: 135 GLN CG 5.98 ( 5.74) . . T
: 136 ALA O 5.99 ( 5.42) . . T
: 137 ALA CB 3.07 ( 3.83) . . H
: 138 GLY N 5.83 ( 7.25) . . H
: 156 LYS O 4.75 ( 6.91) . . T
: 157 VAL O 5.44 ( 6.25) . . T
: 158 ASP OD1 2.27 ( 3.96) . . T
: 159 HIS CB 5.42 ( 5.74) . . T
: 1 CYS I O 3.75 ( 6.19) d . T
| PROTEIN: 2PKA KALLIKREIN A (PORCINE)
|
Bound Ligands : BEN BENZAMIDINE INHIBITOR:
Hev Atom conc.: 0.500 mM
Precip & conc.: 3.000 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.010 M BENZAMIDINE
Addict & conc.:
Comments : BINDING 2 TRIPLE SITES (1,5,6) (2,3,4)
Reference : BODE et.al. 1983 :
pH 8.0 Soak time = 20.00 Hours Reference number = 44.02
Site 1: 41 GLN X NE2 5.87 ( 8.23) . . E
: 192 MET Y SD 3.19 ( 5.54) . . .
: 193 GLY Y N 5.88 ( 6.76) . . .
: 386 HOH O 4.38 (-1.00) . . .
: 116 ASP B OD1 4.66 ( 6.54) . . .
Site 2: 36 TYR X CD2 5.47 ( 5.19) . . .
: 38 SER X OG 4.71 ( 6.52) . . .
: 62 ASN X OD1 4.93 ( 7.52) . . .
: 64 GLU X OE1 4.77 ( 8.62) . . .
: 137 GLU B OE1 5.22 ( 6.49) . . E
: 200 ILE B CD1 5.69 ( 6.31) . . E
: 202 ASN B C 5.76 ( 6.31) . . .
: 203 GLY B O 5.68 ( 4.32) . . .
: 208 MET B N 5.95 ( 7.13) . . E
: 365 HOH O 4.46 (-1.00) . . .
: 417 HOH O 5.06 (-1.00) . . .
Site 3: 40 PHE X CE2 4.88 ( 6.48) . . E
: 41 GLN X OE1 5.06 ( 4.86) . . E
: 42 CYS X N 5.78 ( 6.31) d . E
: 142 GLY Y CA 5.76 ( 5.76) . . .
: 151 PHE Y CE1 3.81 ( 7.84) . . .
: 192 MET Y SD 4.65 ( 5.00) . . .
: 193 GLY Y O 5.23 ( 3.40) . . .
: 194 ASP Y N 5.81 ( 7.21) . . .
: 386 HOH O 5.56 (-1.00) . . .
: 119 LYS B NZ 5.96 ( 8.84) . . .
Site 4: 41 GLN X OE1 5.40 ( 7.53) . . E
: 192 MET Y SD 4.53 ( 7.35) . . .
: 115 THR B O 5.84 ( 6.38) . . .
: 116 ASP B OD1 3.23 ( 4.41) . . .
: 119 LYS B CE 5.63 ( 9.82) . . .
: 377 HOH O 5.32 (-1.00) . . .
Site 5: 62 ASN X OD1 5.60 ( 7.22) . . .
: 63 TYR X O 5.65 ( 7.19) . . .
: 64 GLU X OE1 4.14 ( 7.03) . . .
: 202 ASN B OD1 4.66 ( 4.38) . . .
: 203 GLY B O 5.89 ( 3.65) . . .
: 208 MET B N 5.90 ( 7.34) . . E
Site 6: 109 GLN B NE2 5.36 ( 6.68) . . E
: 110 SER B OG 5.94 ( 5.99) . . .
: 135 THR B OG1 5.56 ( 5.58) . . E
: 202 ASN B OD1 3.51 ( 4.20) . . .
: 203 GLY B N 5.13 ( 6.22) . . .
| PROTEIN: 2RHE IMMUNOGLOBULIN B-J FRAGMENT (V-MNMER) RHE
|
Hev Atom conc.: 0.100 mM
Precip & conc.: 2.000 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.100 M PHOSPHATE/CITRATE
Addict & conc.: 0.020 % SODIUM AZIDE
Comments :
Reference : SAX et.al. 1974 :WANG et.al. 1979 :
pH 4.5 Soak time = Hours Reference number = 80.00
Site 1: 35 ILE CD1 2.79 ( 5.89) . . E
: 47 LEU CD1 4.92 ( 7.93) . . E
: 50 TYR CE2 5.96 ( 5.42) . . T
: 51 TYR OH 5.68 ( 7.08) . . T
: 126 HOH O 3.74 (-1.00) . . .
: 35 ILE CD1 2.79 ( 5.89) . . E
: 47 LEU CD1 4.92 ( 7.93) . . E
: 50 TYR CE2 5.96 ( 5.42) . . T
: 51 TYR OH 5.68 ( 7.08) . . T
: 126 HOH O 3.74 (-1.00) . . .
Site 2: 53 ASP OD1 5.35 ( 5.82) . . T
: 65 ALA O 4.31 ( 6.57) . . E
: 66 SER CB 5.55 ( 5.71) . . E
: 127 HOH O 4.79 (-1.00) . . .
: 147 HOH O 1.96 (-1.00) . . .
: 180 HOH O 4.42 (-1.00) . . .
: 205 HOH O 1.99 (-1.00) . . .
: 207 HOH O 4.87 (-1.00) . . .
Site 3: 33 SER OG 5.63 ( 6.00) . . T
: 34 VAL O 5.98 ( 6.82) . . T
: 35 ILE CD1 3.37 ( 6.17) . . E
: 50 TYR CG 5.91 ( 5.64) . . T
: 51 TYR OH 4.73 ( 5.51) . . T
: 117 HOH O 5.47 (-1.00) . . .
: 126 HOH O 1.96 (-1.00) . . .
: 166 HOH O 5.75 (-1.00) . . .
: 276 HOH O 4.89 (-1.00) . . .
: 35 ILE CD1 3.99 ( 7.32) . . E
: 50 TYR CB 5.89 ( 6.76) . . T
: 51 TYR OH 4.50 ( 6.76) . . T
: 117 HOH O 4.85 (-1.00) . . .
: 126 HOH O 3.26 (-1.00) . . .
: 166 HOH O 5.47 (-1.00) . . .
: 276 HOH O 5.13 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 3APP ACID PROTEINASE (PENICILLUM JANTHINELLUM)
|
Hev Atom conc.: 0.500 mM
Precip & conc.: 2.500 M LITHIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.100 M SODIUM ACETATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : DELBAERE et.al. 1977 :HSU et.al. 1976 :1977 :SIELECKI et.al. 1988 :
pH 4.4 Soak time = 72.00 Hours Reference number = 75.05
Site 1: 184 HOH O 5.67 (-1.00) . . .
: 232 GLN O 4.04 ( 5.94) . . .
: 233 VAL CG1 2.38 ( 2.93) . . .
: 234 SER O 5.01 ( 5.25) . . .
: 247 PHE CD1 5.91 ( 7.12) . . E
: 251 THR OG1 4.45 ( 4.87) . . H
: 252 ASN O 3.05 ( 4.93) . . H
: 253 LEU CD1 5.69 ( 4.03) . . H
: 254 PRO CD 4.26 ( 6.44) . . H
: 212 HOH O 5.27 (-1.00) . . .
: 225 HOH O 5.13 (-1.00) . . .
: 312 HOH O 5.74 (-1.00) . . .
Site 2: 75 TYR OH 5.56 ( 5.42) . . E
: 77 ASP OD1 3.08 ( 6.17) . . .
: 79 SER OG 3.08 ( 5.43) . . E
: 111 GLN CG 5.60 ( 7.56) . . .
: 112 PHE CE1 5.22 ( 7.90) . . .
: 111 HOH O 1.16 (-1.00) . . .
: 284 HOH O 5.83 (-1.00) . . .
: 305 HOH O 5.65 (-1.00) . . .
Site 3: 51 GLN O 5.83 ( 8.11) . . .
: 53 GLY O 5.42 ( 4.88) . . .
: 54 HIS O 3.42 ( 4.78) . . .
: 55 SER OG 5.11 ( 5.17) . . .
: 161 HOH O 4.29 (-1.00) . . .
: 163 HOH O 3.97 (-1.00) . . .
: 191 HOH O 5.29 (-1.00) . . .
: 196 HOH O 3.94 (-1.00) . . .
: 174 LYS NZ 5.37 ( 7.88) . . H
: 116 HOH O 5.66 (-1.00) . . .
: 221 HOH O 4.42 (-1.00) . . .
Site 4: 71 TRP C 5.77 ( 6.79) . . E
: 72 SER OG 3.17 ( 3.71) . . E
: 73 ILE CD1 6.00 ( 2.74) . . E
: 74 SER O 5.38 ( 4.68) . . E
: 81 ALA O 5.54 ( 7.59) . . E
: 131 THR OG1 5.34 ( 6.44) . . .
: 47 HOH O 2.61 (-1.00) . . .
: 77 HOH O 4.87 (-1.00) . . .
: 81 HOH O 5.36 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 5.40 (-1.00) . . .
: 117 HOH O 3.08 (-1.00) . . .
: 136 HOH O 5.93 (-1.00) . . .
Site 5: 72 SER O 3.79 ( 6.06) . . E
: 73 ILE CG1 5.92 ( 5.54) . . E
: 129 ILE O 5.94 ( 7.51) . . .
: 131 THR OG1 4.89 ( 4.44) . . .
: 133 GLN OE1 5.82 ( 8.83) . . .
: 47 HOH O 1.98 (-1.00) . . .
: 77 HOH O 4.37 (-1.00) . . .
: 81 HOH O 1.93 (-1.00) . . .
: 88 HOH O 3.22 (-1.00) . . .
: 117 HOH O 4.51 (-1.00) . . .
: 138 HOH O 5.91 (-1.00) . . .
: 167 HOH O 3.93 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 3PFK PHOSPHOFRUCTOKINASE (BACILLUS STEAROTHEROPHILUS)
|
Bound Ligands : PO4 PHOSPHATE:
Hev Atom conc.: 0.075 mM
Precip & conc.: 2.000 M POTASSIUM PHOSPHATE
Buffer & conc.: 2.000 M POTASSIUM PHOSPHATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : HUDSON et.al. 1979 :1978 :
pH 7.3 Soak time = 24.00 Hours Reference number = 156.03
Site 1: 8 THR OG1 5.14 ( 5.73) . . E
: 9 SER O 5.89 ( 6.96) . . E
: 11 GLY O 4.47 ( 6.38) . . .
: 12 ASP OD2 5.61 ( 3.43) . . .
: 13 SER OG 4.02 ( 4.10) . . .
: 14 PRO N 5.60 ( 6.37) . . .
: 15 GLY C 5.92 ( 6.79) . . .
: 16 MET SD 0.51 ( 4.09) . . .
: 17 ASN N 5.84 ( 7.12) . . .
: 65 GLY O 4.89 ( 5.61) . . .
: 66 THR OG1 5.16 ( 5.18) . . .
: 100 ILE O 5.55 ( 6.74) . . E
: 124 GLY O 5.48 ( 5.59) . . .
: 72 HOH O 3.39 (-1.00) . . .
: 76 HOH O 5.89 (-1.00) . . .
Site 2: 78 THR O 5.87 ( 7.66) . . H
: 79 GLU O 5.51 ( 5.43) . . H
: 82 GLN OE1 2.18 ( 4.51) . . H
: 83 LYS N 5.48 ( 6.29) . . H
: 86 ILE CD1 3.97 ( 7.60) . . H
: 111 LYS CD 5.39 ( 4.65) . . H
: 112 LEU CD2 5.13 ( 4.75) . . H
: 114 GLU CB 5.93 ( 6.29) . . H
: 115 HIS NE2 1.65 ( 4.88) . . H
Site 3: 82 GLN NE2 5.60 ( 9.54) . . H
: 106 TYR O 5.18 ( 7.19) . . H
: 107 GLN CD 5.91 ( 3.79) . . H
: 108 GLY O 4.91 ( 4.53) . . H
: 109 ALA N 5.33 ( 6.09) . . H
: 110 LYS CG 4.12 ( 4.06) . . H
: 111 LYS NZ 4.40 ( 3.19) . . H
: 112 LEU N 5.23 ( 6.68) . . H
: 114 GLU OE1 5.02 ( 7.77) . . H
: 74 HOH O 5.42 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 3PGM PHOSPHOGLYCERATE MUTASE
|
Bound Ligands : SO1 ACTIVE SITE SULFATE: MP3 3-PHOSPHOGLYCERATE:
Hev Atom conc.: 0.500 mM
Precip & conc.: 53.000 % AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : CAMPBELL et.al. 1972 :1974 :
pH 6.7 Soak time = Hours Reference number = 93.01
Site 1: 164 ASP A OD1 4.54 ( 5.46) . . T
: 165 VAL A N 5.52 ( 6.13) . . T
: 83 ARG A NE 5.80 ( 8.04) . . T
: 161 TYR A OH 5.56 ( 5.02) . . T
: 164 ASP A CB 5.70 ( 6.87) . . T
: 165 VAL A CG2 4.49 ( 6.02) . . T
Site 2: 160 PRO A O 5.68 ( 6.83) . . T
: 164 ASP A OD1 3.91 ( 5.19) . . T
: 165 VAL A N 5.50 ( 6.29) . . T
: 83 ARG A NE 5.10 ( 7.64) . . T
: 160 PRO A C 5.77 ( 6.65) . . T
: 161 TYR A CE1 4.16 ( 4.58) . . T
: 164 ASP A CB 5.48 ( 6.73) . . T
: 165 VAL A CG2 5.07 ( 6.31) . . T
Site 3: 62 GLN O 5.83 ( 6.49) . . T
: 65 ASN OD1 5.91 ( 6.13) . . T
: 66 ILE CD1 5.36 ( 5.31) . . T
: 69 GLU OE1 3.98 ( 7.49) . . T
: 62 GLN A O 5.59 ( 6.36) . . T
: 65 ASN A OD1 5.88 ( 5.92) . . T
: 66 ILE A CD1 5.09 ( 4.97) . . T
: 69 GLU A OE1 3.69 ( 7.26) . . T
Site 4: 211 PHE O 5.48 ( 7.18) . . E
: 219 PRO CG 5.30 ( 4.37) . . T
: 220 SER OG 5.76 ( 3.83) . . T
: 221 LYS O 3.25 ( 3.87) . . T
: 222 PRO CD 3.73 ( 3.10) . . T
: 223 SER N 5.18 ( 6.49) . . T
: 219 PRO A O 5.24 ( 7.22) . . T
Bound Ligands : PHO PHOSPHATE:
Hev Atom conc.: 1.000 mM
Precip & conc.: 20.000 % WATER/ETHANOL
Buffer & conc.:
Addict & conc.:
Comments :
Reference : ANDREEVA et.al. 1984 :
pH 2.0 Soak time = 72.00 Hours Reference number = 32.00
Site 1: 225 THR O 5.56 ( 6.39) . . H
: 228 ILE CG2 5.00 ( 6.63) . . H
: 229 ALA CB 5.68 ( 5.58) . . H
: 232 GLN NE2 4.46 ( 7.13) . . H
: 239 GLU OE1 5.31 ( 7.31) . . E
: 245 MET SD 4.14 ( 7.04) . . E
: 288 GLY N 5.23 ( 5.34) . . E
: 474 HOH O 1.84 (-1.00) . . .
: 477 HOH O 4.97 (-1.00) . . .
: 482 HOH O 5.28 (-1.00) . . .
: 279 ASP OD1 4.39 ( 5.87) . . T
Site 2: 76 GLY O 3.44 ( 3.93) . . T
: 77 THR CG2 5.26 ( 5.60) . . T
: 289 MET SD 2.77 ( 6.46) . . E
: 240 ASN ND2 4.56 ( 7.69) . . E
: 242 ASP OD1 5.25 ( 8.35) . . T
| PROTEIN: 4RXN RUBREDOXIN (C.PASTEURIANUM. UNCONSTR. REF)
|
Bound Ligands : FE FE(III) ATOM:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 3.500 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : HERRIOTT et.al. 1970 :WATENPAUGH et.al. 1979 :
pH 4.0 Soak time = 336.00 Hours Reference number = 144.01
Site 1: 2 LYS CD 4.58 ( 4.50) . . .
: 3 LYS CD 5.42 ( 3.92) . . .
: 4 TYR N 4.93 ( 5.58) . . .
: 51 GLU OE2 5.22 ( 4.85) . . .
: 52 VAL CG1 2.67 ( 2.73) . . .
: 53 GLU O 5.11 ( 5.42) . . .
: 54 GLU OE1 4.55 ( 5.27) . . .
: 13 HOH O 1.97 (-1.00) . . .
: 32 HOH O 3.53 (-1.00) . . .
: 67 HOH O 5.98 (-1.00) . . .
: 87 HOH O 4.08 (-1.00) . . .
: 103 HOH O 5.60 (-1.00) . . .
: 109 HOH O 4.68 (-1.00) . . .
: 124 HOH O 4.63 (-1.00) . . .
: 127 HOH O 4.74 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 4SBV VIRUS COAT PROTEIN (SOUTHERN BEAN MOSAIC)
|
Bound Ligands : CA CALCIUM ION:
Hev Atom conc.: 75% SATURATION
Precip & conc.: 0.000 M
Buffer & conc.: 0.000 M
Addict & conc.: 0.000 M
Comments :
Reference : ASAD-ZATERO et.al. 1981 :HERMODSON et.al. 1982 :SUCK et.al. 1978 :
pH Soak time = Hours Reference number = 263.00
Site 2: 70 SER B O 4.77 ( 5.64) . . .
: 71 HIS B ND1 5.48 ( 4.07) . . .
: 72 CYS B CB 4.78 ( 5.28) . . .
: 171 VAL B O 5.47 ( 6.90) . . .
: 172 ASN B O 5.48 ( 6.93) . . .
: 173 ASN B OD1 5.86 ( 6.68) . . .
: 64 MET A O 5.38 ( 7.45) . . .
: 65 ASP A OD1 4.67 ( 6.23) . . .
| PROTEIN: 5CYT CYTOCHROME C (ALBCORE, REDUCED)
|
Bound Ligands : HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINS FE(II):
Hev Atom conc.: 0.300 mM
Precip & conc.: 4.000 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.:
Addict & conc.: SODIUM ASCORBATE
Comments : SODIUM ASCORBATE PREVENTS OXIDATION XL'S
Reference : DICKERSON et.al. 1981 :TAKANO et.al. 1973 :1977 :
pH 6.0 Soak time = 20.00 Hours Reference number = 121.02
Site 1: 16 GLN R O 5.79 ( 7.06) . . . [Het: HEM CMC - AE2 3.50]
: 17 CYS R SG 4.74 ( 6.75) . . . [Het: HEM C2C - CB 3.50]
: 28 VAL R CG1 5.16 ( 7.08) . . T
: 105 HEM R CBC 4.53 (-1.00) . . .
: 11 HOH R O 4.60 (-1.00) . . .
: 4 ALA R O 5.70 ( 6.93) . . .
: 7 LYS R NZ 5.26 ( 6.33) . . .
: 8 LYS R CB 5.77 ( 5.53) . . .
: 15 HOH R O 4.47 (-1.00) . . .
: 93 HOH R O 2.42 (-1.00) . . .
: 48 TYR R O 5.41 ( 7.72) . . T [Het: HEM CGA - CE1 3.70]
: 50 ASP R N 5.71 ( 6.02) . . H
: 53 LYS R NZ 4.48 ( 9.53) . . H
: 36 HOH R O 4.88 (-1.00) . . .
: 83 HOH R O 3.33 (-1.00) . . .
: 86 HOH R O 3.56 (-1.00) . . .
: 88 HOH R O 4.12 (-1.00) . . .
Site 2: 37 GLY R CA 5.65 ( 5.65) . . T
: 60 ASN R CB 5.52 ( 6.75) . . H
: 3 VAL R CG1 5.46 ( 5.86) . . .
: 4 ALA R N 5.98 ( 6.94) . . .
: 27 HOH R O 3.69 (-1.00) . . .
: 38 HOH R O 4.49 (-1.00) . . .
: 43 HOH R O 4.26 (-1.00) . . .
: 50 HOH R O 4.11 (-1.00) . . .
: 53 LYS R O 5.84 ( 7.65) . . H
: 68 HOH R O 4.85 (-1.00) . . .
: 71 HOH R O 5.93 (-1.00) . . .
| PROTEIN: 5XIA D - XYLOSE ISOMERASE (ARTHROBACTER STRAIN B3728)
|
Bound Ligands : MG MAGNESIUM ++ CATION: XYL XYLITOL:
Hev Atom conc.: 0.010 mM
Precip & conc.: 3.200 M AMMONIUM SULPHATE
Buffer & conc.: 0.050 M TRIS / ACETATE
Addict & conc.:
Comments :
Reference : AKINS et.al. 1986 :HENRICK et.al. 1989 :
pH 6.0 Soak time = 24.00 Hours Reference number = 291.02
Site 1: 66 GLU A CG 5.80 ( 5.62) . . T
: 69 LYS A NZ 4.92 ( 5.66) . . T
: 676 HOH A O 2.03 (-1.00) . . .
: 651 HOH B O 2.51 (-1.00) . . .
: 652 HOH B O 1.64 (-1.00) . . .
: 714 HOH B O 2.30 (-1.00) . . .
: 276 ASN B CG 5.89 ( 6.19) . . H
: 278 PHE B O 5.44 ( 6.87) . . T
: 279 PRO B O 4.89 ( 4.84) . . T
: 326 ARG B NE 5.74 ( 5.61) . . H
: 335 MET B CE 5.85 (10.26) . . H
: 525 HOH B O 5.13 (-1.00) . . .
: 750 HOH B O 5.88 (-1.00) . . .
Site 2: 69 LYS A NZ 4.00 ( 6.83) . . T
: 676 HOH A O 3.20 (-1.00) . . .
: 651 HOH B O 4.39 (-1.00) . . .
: 652 HOH B O 1.91 (-1.00) . . .
: 714 HOH B O 4.92 (-1.00) . . .
: 272 ASP B OD1 5.44 ( 7.26) . . H
: 276 ASN B OD1 5.58 ( 4.61) . . H
: 277 GLY B O 4.15 ( 5.28) . . T
: 278 PHE B O 4.25 ( 4.76) . . T
: 279 PRO B CD 4.37 ( 3.89) . . T
: 326 ARG B NH1 5.60 ( 6.28) . . H
: 335 MET B CE 5.79 (10.53) . . H
: 525 HOH B O 2.51 (-1.00) . . .
Site 3: 65 ALA A O 4.03 ( 4.56) . . T
: 66 GLU A CD 5.92 ( 4.23) . . T
: 69 LYS A CE 5.84 ( 5.45) . . T
: 592 HOH A O 4.35 (-1.00) . . .
: 676 HOH A O 4.51 (-1.00) . . .
: 651 HOH B O 0.85 (-1.00) . . .
: 652 HOH B O 3.30 (-1.00) . . .
: 714 HOH B O 2.37 (-1.00) . . .
: 279 PRO B O 4.30 ( 5.16) . . T
: 326 ARG B O 5.21 ( 6.38) . . H
: 332 GLN B OE1 5.09 ( 6.55) . . H
: 335 MET B SD 5.73 ( 8.72) . . H
: 341 PHE B CE2 4.39 ( 8.71) . . 5
Site 4: 66 GLU A CD 5.97 ( 5.49) . . T
: 69 LYS A NZ 5.49 ( 6.34) . . T
: 70 ILE A CG1 5.74 ( 7.02) . . T
: 676 HOH A O 1.53 (-1.00) . . .
: 706 HOH A O 4.93 (-1.00) . . .
: 651 HOH B O 4.67 (-1.00) . . .
: 652 HOH B O 3.96 (-1.00) . . .
: 714 HOH B O 2.76 (-1.00) . . .
: 276 ASN B OD1 5.37 ( 5.83) . . H
: 326 ARG B CG 5.67 ( 6.09) . . H
: 611 HOH B O 4.91 (-1.00) . . .
: 750 HOH B O 4.34 (-1.00) . . .
Site 5: 135 MET A O 4.68 ( 5.92) . . E
: 136 TRP A O 5.66 ( 5.24) . . T
: 137 GLY A O 4.80 ( 3.75) . . T
: 140 GLU A CD 5.92 ( 6.83) . . T
: 157 MET A SD 3.64 ( 6.99) . . T
: 161 VAL A CG2 5.95 ( 8.35) . . T
: 179 LEU A CD1 5.38 ( 6.00) . . E
: 180 GLU A O 5.29 ( 6.35) . . E
: 191 PHE A O 5.28 ( 6.93) . . T
: 192 LEU A CD1 4.16 ( 6.61) . . T
: 443 HOH A O 5.69 (-1.00) . . .
: 453 HOH A O 1.94 (-1.00) . . .
: 454 HOH A O 2.66 (-1.00) . . .
: 455 HOH A O 3.21 (-1.00) . . .
: 560 HOH A O 2.10 (-1.00) . . .
: 565 HOH A O 4.58 (-1.00) . . .
Site 6: 103 PHE B CE2 4.88 ( 6.81) . . T
: 135 MET B SD 5.04 ( 5.81) . . E
: 136 TRP B C 5.47 ( 6.12) . . T
: 137 GLY B C 5.81 ( 4.48) . . T
: 140 GLU B CD 5.68 ( 7.31) . . T
: 157 MET B SD 2.60 ( 5.67) . . H
: 161 VAL B CG2 4.34 ( 6.69) . . H
: 179 LEU B CD1 5.65 ( 6.46) . . E
: 192 LEU B CD1 4.85 ( 8.02) . . T
: 201 PHE B CE2 5.85 ( 9.92) . . H
: 443 HOH B O 4.79 (-1.00) . . .
: 453 HOH B O 2.76 (-1.00) . . .
: 454 HOH B O 4.35 (-1.00) . . .
: 455 HOH B O 4.62 (-1.00) . . .
: 560 HOH B O 0.84 (-1.00) . . .
: 565 HOH B O 3.49 (-1.00) . . .
Site 7: 60 PHE A CG 5.94 ( 6.35) . . T
: 95 HIS A ND1 5.68 ( 6.11) . . T
: 421 HOH A O 4.90 (-1.00) . . .
: 425 HOH A O 3.52 (-1.00) . . .
: 568 HOH A O 3.07 (-1.00) . . .
: 666 HOH A O 5.81 (-1.00) . . .
: 738 HOH B O 3.62 (-1.00) . . .
: 704 HOH A O 5.18 (-1.00) . . .
: 27 VAL B CG1 5.14 ( 7.32) . . T
Site 8: 27 VAL A CG1 4.80 ( 6.71) . . T
: 748 HOH A O 4.10 (-1.00) . . .
: 735 HOH A O 3.66 (-1.00) . . .
: 60 PHE B CD1 5.49 ( 6.19) . . T
: 94 SER B OG 5.94 ( 5.67) . . T
: 95 HIS B CE1 5.38 ( 4.34) . . T
: 96 PRO B N 5.94 ( 7.40) . . T
: 421 HOH B O 4.19 (-1.00) . . .
: 425 HOH B O 4.26 (-1.00) . . .
: 435 HOH B O 5.70 (-1.00) . . .
: 712 HOH B O 1.90 (-1.00) . . .
Site 9: 135 MET B O 3.92 ( 5.76) . . E
: 136 TRP B C 5.06 ( 5.27) . . T
: 137 GLY B O 5.71 ( 4.60) . . T
: 157 MET B SD 4.33 ( 7.47) . . H
: 161 VAL B CG2 5.76 ( 8.36) . . H
: 179 LEU B CD1 4.65 ( 4.85) . . E
: 180 GLU B O 4.62 ( 5.54) . . E
: 181 PRO B N 5.71 ( 6.02) . . T
: 191 PHE B O 5.20 ( 7.19) . . T
: 192 LEU B CD1 3.42 ( 6.25) . . T
: 453 HOH B O 1.12 (-1.00) . . .
: 454 HOH B O 2.42 (-1.00) . . .
: 455 HOH B O 3.69 (-1.00) . . .
: 560 HOH B O 2.73 (-1.00) . . .
: 565 HOH B O 5.37 (-1.00) . . .
Site A: 137 GLY B O 4.22 ( 4.56) . . T
: 140 GLU B CD 5.56 ( 5.15) . . T
: 157 MET B SD 3.90 ( 7.02) . . H
: 190 ILE B CG2 4.52 ( 5.99) . . T
: 191 PHE B CD1 5.15 ( 4.02) . . T
: 192 LEU B CD1 3.85 ( 4.85) . . T
: 453 HOH B O 4.54 (-1.00) . . .
: 454 HOH B O 3.55 (-1.00) . . .
: 455 HOH B O 1.45 (-1.00) . . .
: 560 HOH B O 4.49 (-1.00) . . .